阿里云携手NVIDIA发布云上端到端基因分析解决方案

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2022年12月21日 11:21来源于:网络
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近日,阿里云与NVIDIA达成合作,打造基于阿里云基因分析平台的端到端 severless 基因分析和数据应用开放服务,以及NVIDIA ClaraParabricks 的集成和部署。新产品将为大型研

近日,阿里云与NVIDIA达成合作,打造基于阿里云基因分析平台的端到端 severless 基因分析和数据应用开放服务,以及NVIDIA Clara Parabricks 的集成和部署。

新产品将为大型研究型医院、生命科学与医学领域国家实验室和科研院所、第三方医学检测实验室、基因与生物技术科技公司等机构提供高性能、云上一站式基因分析解决方案,加速基因组学分析的效率和准确性,同时实现基因计算时间和成本的指数级降低。

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基因组学技术是是未来精准医学的核心之一,基因测序技术的不断发展和临床应用的持续拓宽,让基因检测成为当下医疗新基建风口下最为引人关注的行业之一。目前,基因数据分析61%需要完全自建解决方案,行业整体信息化水平较低。

NVIDIA与阿里云开展合作,旨在以开放共建的态度与伙伴共同为各行业企业提供全栈式的AI加速计算技术底座。

阿里云基因分析平台是国内首个公共云的行业aPaaS平台,产品遵循GA4GH行业标准,提供全托管的serverless基因计算引擎和数据应用开放服务,以容器化的方式大规模处理生物医学数据,集成 Parabricks 等行业软件和开源工具,形成完整的端到端解决方案。

NVIDIA Clara Parabricks是由NVIDIA开发、基于GPU的基因测序分析加速软件,提供多种生物信息学工具和功能,例如序列比对、预处理和质量指标、变体和突变检测、UMI 以及用于种系、体细胞和 RNA 分析的端到端工作流程。它可为测序中心、临床团队、基因组学研究人员以及新一代测序仪器开发者提供快速准确的分析,大幅度提升基因组学分析的速度和准确性。

阿里云基因分析平台和NVIDIA Clara Parabricks的融合创新,通过构建云上超大规模的GPU弹性扩展、大规模的并行调度和异构计算、全面的基因分析工具、动态加载基因加速算法、以及覆盖全基因组、肿瘤、RNA等的最佳实践优化配置,实现基因计算显著的降本增效,可为企业用户带来业界领先的基因数据分析体验。

经测试:用户可以在30分钟内完成一个30x测序深度的全基因组分析,且与GATK的最佳实践结果99.99%一致。而在过去这项工作需要20多个小时才能完成。此外,计算成本可降低40%-80%。

 

2022年11月,国内某基因测序客户,通过阿里云无限制的计算存储能力和NVIDA Clara Parabricks,在短短的一天内就完成了6000个全基因组的群体变异检测工作;仅耗时3天就完成了在新区域基因检测业务的应用部署,其显著提升的基因数据分析体验获得了客户的认可。


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