东汉末年，一场持续数十年的大瘟疫流行，家破人亡者比比皆是，十分悲惨。当时文学家曹植在游历各地时看到，曾经繁华的中原地区一度出现了这样的惨状：“家家有位尸之痛，室室有号泣之哀，或阖门而殪，或覆族而丧。”
这次大瘟疫，被当时人称为“伤寒”，用现代的话说就是“被寒气所伤”。之所以古人会有这样的认识，是患者发病时出现剧烈的怕冷、寒战等症状，给医生留下了深刻的印象，而这些症状与现代流感患者的临床表现是高度一致的。
史料详细记载了瘟疫的特点：具有强烈的传染性；发病急猛，死亡率很高；患者往往会高热致喘，气绝而死。这与现代流感引发的重度肺炎表现极其相似。即使是在医学昌明的今天，这种肺炎仍然会威胁到患者的生命。
古人面对这样可怕的瘟疫时，几乎是束手无策，只能在绝望中等待死亡。被后世尊称为“医圣”的汉代医家张仲景，也曾悲痛地回忆，他的家族本来人口众多，达两百余人口，但在不到十年的瘟疫流行期间，竟有三分之二的人口死去，其中有七成是死于瘟疫。
怀着失去亲人的悲痛，张仲景把全部精力投入到寻找抗击瘟疫的有效药物中。他猜想，患者发病时之所以会怕冷、寒战，原因可能是体表受到邪气的侵袭，那么能够通过发汗驱散体表邪气的麻黄是不是可以起作用呢？持续高烧说明体内有热，而且还伴随着喘息咳嗽的肺部症状，这是肺部有热的表现，能清除肺热的石膏应该会有效果，在这样的思路指导下，张仲景创建了以麻黄、石膏为主要成分的抗瘟疫方剂“麻杏石甘汤”。
应该说，古代中医的诊治思路在已经了解细胞、病毒的现代人眼中看来过于朴素，但用在患者身上时，“麻杏石甘汤”的疗效却毫不含糊，很多人服药只需一两剂，就能汗出热退，汗出后怕冷、寒战、发烧的症状就消除了，一时间救人无数。麻黄、石膏这两味药也被后世医家广泛应用在流感等外感发热类疾病的治疗中。
历史演进到五百多年前的明代，由于经济繁荣，城市人口密集程度远远超过以往，为流感瘟疫传播提供了机会，仅北京一地就发生过16次瘟疫，“死亡者昼夜相继，阖城惊悼”。名医吴又可在医治瘟疫时发现，单纯使用石膏退热的效果还是有点慢，如果退热慢了，就会给体表的外邪创造入里的机会，入到肺，当然就会咳嗽、喘促不止，那有什么办法才能尽快驱除体内的热邪呢？
中医用药驱除体内热邪的方法不外三种：发汗、利小便、通大便，让热邪有出路，让热邪随着人体的汗液、小便、大便排出体外，应当说在今天看来，中药运用的这种想法也蕴含着很深的科学道理。吴又可在多种药物之间权衡后，选择了既能通利大便，又能利湿的大黄。
也许是因为明代民众生活水平明显提高，饮食积滞相关病变高发，明代医家对大黄格外重视，有人称大黄为荡涤积滞的“良将”，有人还将单味大黄制成“将军丸”来服用，就连脍炙人口的小说《西游记》也借沙僧、悟空之口称赞大黄。吴又可通过临床应用发现，大黄具有很好的通腑泄热作用，可以让肺热通过大便排出体外，同时也截断了体表热邪进入体内的途径。
吴又可治疗瘟疫加用大黄的这一创举，有效避免了瘟疫患者病情向肺部的传染，许多在死亡线上挣扎的病人经他用药又拉了回来，在当时引起了强烈的反响。
清代乾隆年间，突发大范围瘟疫，一时间满街都是送殡的魂幡、散落的纸钱，病痛和恐慌不断蔓延，据说就连不远万里来华的英国马戛尔尼使团也有人中招。如果此事属实的话，那么东西方两大国第一次正式接触，就与疾病传播密切相伴了。
当时的名医吴鞠通注意到，尽管运用麻杏石甘汤和大黄能够让患者最终转危为安，但许多瘟疫患者在发病期间仍会出现明显的发烧、嗓子肿疼、头痛、周身酸痛，需要找到合适的药物尽快解除患者的痛苦。他认为这是风热外邪侵袭人体所致，必须用辛凉解表的药物让邪气发散出去，金银花、连翘正是辛凉发散的重要药物，既可以疏散风热，清散体表的风热邪气，又能清热解毒，清体内热毒，再辅以其他药物，形成了清代治疗瘟疫的经典方剂“银翘散”，一直沿用至今。而连翘、金银花正是连花清瘟胶囊名字的由来。“清瘟”就是清除流感、感冒这类具有传染性的外感热性疾病。
借助现代实验研究，人们对这些流转百年甚至千年之久的药物有了更加深刻的认识，比如麻黄的挥发油对流感病毒有抑制作用，水煎剂有抗病原微生物作用；石膏服用半小时后即能发挥明显退热作用；大黄内含有的蒽醌类化合物对流感病毒有抑制作用；金银花、连翘均具有抗炎、解热及抗流感病毒等作用。三朝名方与今天科学实验发现的抗病毒、抗炎、止咳、化痰、增强免疫的中药组合，造就了今天的连花清瘟胶囊与颗粒剂的配方。
应当说，连花清瘟既是历史的，也是现代的，所以才能担当起今天全社会期待的治感冒防流感重任。
连花清瘟对流感的治疗效果得到了大量基础及临床研究的验证。中国中医科学院、广州医学院呼吸疾病国家重点实验室等多个科研机构实验证实，连花清瘟具有广谱抗病毒作用，对今年流行的甲型流感病毒、乙型流感病毒等都有很好的抑制拮抗作用。循证医学研究也证实连花清瘟抗甲流效果与奥司他韦无差异，且退热及缓解咳嗽、头痛、乏力、肌肉酸痛等流感症状优于奥司他韦。钟南山院士对此指出：在临床医生公认最为严格的双盲循证医学研究中，连花清瘟显示出有效减轻流感患者症状的治疗效果，特别是出现高热症状的患者在发病早期使用效果更好。钟南山院士认为，中药跟西药的抗病毒概念不一样，中药有一个全身性调节的作用，这是中药的特色和长处。连花清瘟先后18次被国家层面列入各种流感推荐用药。
